El programa de seguimiento del arrecife de Mahahual nos permite recolectar datos sobre el estado de la barrera arrecifal gracias a un muestreo metódico y a largo plazo de las poblaciones de organismos que la habitan. Las informaciones obtenidas conciernen las diferentes especies de peces, corales y mega-fauna observados en el arrecife.
La metodología de muestreo es basada en el protocolo de la Atlantic and Gulf Rapid Reef Assessment (AGRRA), que ha sido adoptado por gran cantidad de centros de investigación de la región del Caribe.